В 1851 г. на базе городового казачьего полка был сформирован Енисейский конный казачий полк. В его состав были включены городовые, станичные и пограничные казаки. Среди первых командиров Енисейского казачьего конного полка были войсковые старшины Мазаревич, Н.М. Голашевский, В.В. Клейменов. Полк вошел в состав бригады Иркутского и Енисейского конных казачьих полков.
В середине XIX в. енисейское казачество было численно увеличено за счет причисления к казачьему сословию местных крестьян, в основном из потомков казаков, а так же путем переселения штрафных солдат из Европейской России. В 1851 г. было переведено в казачье сословие в Енисейской губернии 1286 крестьян. В 1858 г. прислали штрафных солдат с семьями с перечислением их в казаки. Из них составили станицы Тинская и Иннокентьевская Канского уезда, Алтайская Минусинского уезда, Белоярская Ачинского уезда, Тенгина и Нижне-Еаулово Красноярского уезда. Часть этих казаков были причислены к 15 другим станицам. В 50-х гг. XIX в. штрафные солдаты из поселков Европейской России были поселены в Каратузе, с причислением в казачество. В 1860-х гг. в Енисейской губернии численность казачьего сословия почти достигло 13 тыс. человек, при общей численности населения губернии около 320 тыс. человек.
Вдоль границы с Китайской империей в Енисейской губернии была сеть казачьих поселений: в 1859 г. в Таштыпском форпосте столько казачье население составляло 66 дворов (571 чел.); Арбатский форпост имел 50 казачьих дворов (382 чел.); Саянский форпост - 45 дворов, 357 душ; селение Имек - 15 дворов, 100 душ и проч. Всего было около 9 казачьих селений, среди которых центральное положение занимали Арбатская, Саянская и Каратузская станицы.
В середине XIX в. Енисейское казачество несло обязанности по охране и наблюдению за границей в форме ежегодного осмотра пограничных знаков. На правом берегу Енисея казаки ежегодно выезжали на встречу с тувинскими объездчиками, которая проводилась на реке Иджим в районе знака Хонин-дабага. Обязанность посещения знаков Бом-Кемчик и Хонин-дабага лежала на казаках Саянского форпоста.
В 1861 г. Енисейское казачество было освобождено от несения службы по охране границы, осуществлялось лишь общее наблюдение, во время конфликтов собирались специальные команды. Казаки несли горно-полицейскую стражу. В 1894-1896 гг. для казаков на средства Горного ведомства было приобретено 126 винтовок.
В 1871 г. казачье население Енисейской губерний было лишено войскового статуса, Енисейский казачий полк был переформирован в Красноярскую казачью сотню. Часть казаков сохранило свой сословный статус. К 1 января 1882 г. в Енисейской губернии проживало 4702 чел. казачьего населения, из них в Минусинском округе 67,5%. Почти все казаки были православными, кроме 7 мужчин и 15 женщин в Минусинском округе раскольников-беспоповцев. Казачьи селения в разных документах назывались по разному – станицы, форпосты, села, деревни. В 1880 г. в Минусинском округе было 24 казачьих селения, в том числе 3 станицы, 5 слобод, 2 поселка, 9 хуторов, 3 форпоста и 2 улуса. В 1890 г. в Минусинском округе казаки и крестьяне из казаков составляли 3,2% сельского населения, в Красноярском округе – 1,4%. В 1881 г. у казаков имелось: лошадей – 8701, крупного рогатого скота – 5412, оленей – 697, собак ездовых – 53, свиней – 1289, овец – 10872.
Енисейские казаки в конце XIX в. были освобождены от пограничной и военной службы. Согласно положению «Казаки Енисейской губернии имеют назначение – содействие регулярным войскам, при отправлении ими внутренней службы в этой губернии. Срок службы казаков: полевой – 15-летний и внутренний – 7-летний, причем они находятся поочередно на действительной службе 1 год, и вслед за тем, на льготе не менее 2-х лет. Но в экстренных случаях могут быть призываемы на службу все льготные казаки и даже все способное к отправлению воинской службы казачье население». От казачьего населения Енисейской губернии в наряд на 1884 г. выставлялось 25 урядников, 1 музыкант, 256 казаков, 4 писаря, в том числе в состав Красноярской конной казачьей сотни – 8 урядников, 1 музыкант, 80 казаков и 4 писаря. В 1900 года енисейские казаки были освобождены от полицейской и приисковой службы.
В самом конце XIX в. был подготовлен проект включения красноярских казаков в состав Сибирского казачьего войска путем создания нового 4-го военного отдела, с главной целью усиления охраны границы в Саянах. В Енисейской губернии предполагалось создать 11 станиц (33 селения) с численностью казачьего населения в 16 тыс. чел., больше половины из которых приходилось на станицы Минусинского уезда (Таштыпская, Арбатская, Саянская, Каратузская, Бузуновская, Соленоозерская, Камчатская). Против создания 4-го отдела Сибирского казачьего войска выступил Иркутский генерал-губернатор. Планы коренной реорганизации казачества Восточной Сибири не были реализованы, но в начале ХХ в. численность казачьего населения в Саянах была увеличена за счет зачисления в казаки крестьян. В Енисейской губернии к казачьему сословию причислили крестьян 353 душ мужского пола из бывших казаков и 596 - из государственных крестьян и разночинцев. В 1901 г. в Енисейской губернии проживало соответственно 3346 казаков мужского пола
Во время русско-китайской войны в 1900 г. из енисейских казаков на границе было сформировано три дружины (Арбатская, Саянская и Каратузская), из Красноярска в Минусинск направлена полусотня. В 1904 г. Красноярская казачья сотня была переформирована в трехсотенный дивизион. Во время войны сотни несли охранную службу в Томске, Минусинске и Красноярске. В Саянах были установлены казачьи посты. Для участия в войне с Японией в Красноярске была сформирована добровольческая сотня енисейских казаков, воевавшая в составе 1-го Армейского корпуса.
В 1910 г. было утверждено Положение об Иркутском и Красноярском казачьих дивизионах, а в 1911 гг. на енисейских казаков был распространен «Устав о воинской повинности Донского казачьего войска». С началом Мировой войны в 1914 г. Красноярская казачья сотня вновь была развернута в трехсотенный дивизион, его состав пополнялся отчасти за счет хакасов. В 1915 г. был сформирован сводный Енисейский казачий полк, направленный на Турецкий фронт. Кроме того, на фронт было направлено несколько казачьих команд из состава енисейцев, а вдоль границы вновь были сформированы казачьи дружины. К 1917 г. численность казачьего населения в Енисейской губернии вновь превзошла таковую времен формирования в 60-х гг. XIX в. казачьего полка. По данным всероссийской сельскохозяйственной переписи 1917 г. численность казачьего населения губернии превысила 14 тыс. человек.
25 мая (8 июня) 1917 г. на первом съезде енисейских казаков в Красноярске было принято решение об образовании Енисейского казачьего войска. Вскоре Совет Союза Казачьих войск принял Енисейское казачье войско своим полноправным членом.
Енисейское казачество в начале ХХ в. было, возможно, самой надежной и верной опорой старой власти. Исследователи не выявили случаев неповиновения власти или отказа енисейцев от выполнения полицейско-карательных функций во время революции 1905 г. и последующих лет. Во время гражданской войны енисейское казачество раскололось, но при этом красного казачества в Енисейской губернии не появилось.
В начале 1918 г. атаман А.А. Сотников (избран в сентябре 1917) вывел казачий дивизион из Красноярска, сначала в Торгашино, затем в Каратуз Минусинского уезда. Весной 1918 г. в условиях начавшейся Гражданской войны енисейское казачество раскололось, атаман А.А. Сотников оказался без поддержки и покинул войско. 6-м Чрезвычайным Большим Кругом Енисейских казаков 12-20 августа 1919 г. в г. Красноярске было установлено гражданское управление Енисейским казачьим войском, утвержденное войсковым атаманом генералом В.Л. Поповым в октябре 1919 г. После поражения антисоветских сил в Сибири значительная часть енисейского казачества ушла на Дальний Восток или в Монголию, и затем эмигрировала в Китай. Часть эмигрировавших енисейских казаков в 1920-х гг. вернулись на родину. Значительная часть енисейского казачества на родине в 1920-1930-х гг. подверглась политически репрессиям.
В 1920 г. Енисейское казачье войско, как и все казачьи войска, было упразднено Советским правительством. Однако казачество, как самостоятельная социальная группа в Енисейской губернии не прекратила существование. В июне 1920 г. на общем собрании казаков г. Красноярска было принято решение обратиться в Губисполком с просьбой разрешить возобновить станичное самоуправление в виде исполкома. В 1922 г. был утвержден Красноярский станичный исполком, но, в конечном итоге, казачеству было отказано в создании особой административной единицы, душевой земельный надел сократился в несколько раз и был уравнен, казачье землевладение было уравнено с крестьянским, за казаками сохранилось лишь право на создания особого юридического лица в виде земельного сообщества.
Енисейское казачество в эмиграции, несмотря на свою малочисленность, на протяжении нескольких десятилетий сохраняло свою организацию и было заметным среди всех казачьих формирований. Например, сотник Енисейского казачьего войска Г.К. Бологов в 1929-1949 гг. занимал пост председателя Казачьего союза в Шанхае, затем руководил Общеказачьим союзом в Сан-Франциско. В Харбине енисейское казачество организовало свою станицу и имело свое периодическое издание. Активное возрождение казачества в Красноярске и Красноярском крае в постсоветское время явилось очередным подтверждением значимости и уникальности енисейского казачества.
